个人简介
Daniel Falush，生物学博士，中国科学院上海免疫与感染研究所研究员。1992年于英国剑桥大学获荣誉学士学位，1998年于英国伦敦大学学院获得博士学位，先后在日本九州大学，德国马斯克·普朗克进化人类研究所，牛津大学，东京大学，英国巴斯大学等担任高级研究员。目前在Nature, Science, ISME, Elife, Nature Communications等顶级期刊发表80余篇代表性论文，引用量超过30,000，h指数49。主持科技部重点研发项目，国家自然科学基金面上项目、国家高级外国专家项目，Wellcome Trust Project Grant，Science Foundation of Ireland等多项国内外科研项目。
研究方向
基于生物信息学统计遗传学，开发新的统计遗传学方法，用于分析来自许多不同生物和系统的大规模基因组和宏基因组数据集。
研究重点是从历史、功能、医学、生态和进化角度阐述高频重组物种(如幽门螺杆菌和副溶血弧菌等致病性细菌)中遗传变异的原因和后果。
荣誉及获奖情况
2003-2007年 英国Wellcome Trust职业发展研究奖-“细菌变异的统计分析”
2004-2006年 美国环保署头孢菌素初级研究奖学金，林纳克学院
1993-1997年 英国Wellcome Trust，数学生物学奖学金
2021年 爱思唯尔“全球顶尖科学家排名”生物学科前10名国内学者榜单
主持与承担主要项目情况
2023-2025年 基金委外国资深学者研究基金团队试点项目
2022-2025年 科技部国家重点研发计划（子课题负责人）
2022-2026年 国家自然科学基金面上项目
2021-2025年 国家高级外国专家
2014-2019年 英国MRC联合体指定研究员
2008-2010年 爱尔兰科学基金会指定研究员
2008-2012年 英国Wellcome Trust (主持人P.Green)，负责“开发克隆框架作为分析细菌序列数据和关联图谱的通用方法”
发表论著情况
1.开发的主要软件：
Linkage model of STRUCTURE、STRUCTURE 2.2、fineSTRUCTURE、ClonalFrame、GlobeTrotter、Badmixture、ClonalOrigin、FineRADstructure等，获得业内肯定并被大量引用。
2.发表论文80余篇，代表性论文如下：
Falush D. Microbial GWAS coming of age. Nature Microbiology. 2016;1(5)
Leslie S, Winney B, Hellenthal G, Davison D, Boumertit A, Day T, Hutnik K, Royrvik EC, Cunliffe B, Lawson DJ, Falush D, Freeman C, Pirinen M, Myers S, Robinson M, Donnelly P, Bodmer W, Wellcome Trust Case C, Int Multiple Sclerosis G. The fine-scale genetic structure of the British population. Nature. 2015;519(7543):309-+.
Hellenthal G, Busby GBJ, Band G, Wilson JF, Capelli C, Falush D, Myers S. A Genetic Atlas of Human Admixture History. Science. 2014;343(6172):747-51.
Sheppard SK, McCarthy ND, Falush D, Maiden MCJ. Convergence of Campylobacter species: Implications for bacterial evolution. Science. 2008;320(5873):237-9.
Harter AV, Gardner KA, Falush D, Lentz DL, Bye RA, Rieseberg LH. Origin of extant domesticated sunflowers in eastern North America. Nature. 2004;430(6996):201-5.
Falush D, Wirth T, Linz B, Pritchard JK, Stephens M, Kidd M, Blaser MJ, Graham DY, Vacher S, Perez-Perez GI, Yamaoka Y, Megraud F, Otto K, Reichard U, Katzowitsch E, Wang XY, Achtman M, Suerbaum S. Traces of human migrations in Helicobacter pylori populations. Science. 2003;299(5612):1582-5.
Lawson D, van Dorp L, Falush D. A tutorial on how not to overinterpret STRUCTURE or ADMIXTURE bareplots. Nature Communications. 2018 9: 3258.
Harry A. Thorpe, Elise Tourrette, Koji Yahara, Filipa F. Vale, Siqi Liu, Mónica Oleastro, Teresa Alarcon, Tsachi-Tsadok Perets, Saeid Latifi-Navid, Yoshio Yamaoka, Beatriz Martinez-Gonzalez, Ioannis Karayiannis, Timokratis Karamitros, Dionyssios N. Sgouras, Wael Elamin, Ben Pascoe, Samuel K. Sheppard, Jukka Ronkainen, Pertti Aro, Lars Engstrand, Lars Agreus, Sebastian Suerbaum, Kaisa Thorell & Daniel Falush (2022). Repeated out-of-Africa expansions of Helicobacter pylori driven by replacement of deleterious mutations. Nature Communications,6484(2022)
联系方式
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